常見的菌肥生產及農業用菌一共有28種，他們的主要作用如下：
發酵有機肥，疏松土壤，增加土壤保水性，擴大根系面積，增強光合、減少肥料使用量，提高產量，改善品質。乳酸具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動和有機物的急劇腐敗分解。乳酸菌能夠分解在常態下不易分解的木質素和纖維素，并使有機物發酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產生的致病菌增殖。致病菌活躍，有害線蟲會急劇增加，植物就會衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害線蟲便會逐漸消失。產生類似細胞分裂素、植物生長激素的物質，促進植物的生長；在光照不足環境中能提高作物光合作用，施入土壤后，可迅速激活植物細胞活性，促進根系發育，提高光合作用和生殖生長能力。5、涇陽鏈霉菌（5406）：是細黃鏈霉菌的一種乳糖變種。全球70%殺菌劑由該菌提取，對土壤病害效果顯著，72小時對根結線蟲卵塊孵化抑制率達到82.3%。一是可加速有機物的分解，進而釋放作物所必須的各種營養物質。研究發現，其轉化有效氮的效率為5%～13%，有效磷可達到7%～15%，有效鉀的效率高達8%～16%；二是增強光合作用和誘發抗逆基因表達，提高作物對干旱，雨澇，低溫等不良環境的抗病、抗逆能力；三是可以在一定程度上改善土壤的結構，這是由于它可以分泌一種有利于土壤團粒結構形成的膠性物質，使土壤疏松、透氣、保水，進而增強土壤肥力。解鉀，釋放出可溶磷鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。分泌抗菌物質抑制植物病原細菌、真菌、病毒、線蟲；產生拮抗作用抑制有害病原物的生長或發展或直接殺滅病原物；營養與空間的競爭，迅速地搶占果蔬傷口的營養空間生長存活并大量繁殖；誘導寄主產生抗性，誘導植物自然防御機能；產生赤霉素、吲哚乙酸、細胞分裂素，促進植物生長等。可降低環境中的氨氣、硫化氫等有害氣體。提高果實中氨基酸的含量。促進植物根系生長，增強根系吸收能力，從而提高作物產量；抑制植物體內外病原菌繁殖，減輕病蟲害，降低農藥殘留；改良疏松土壤，解決土壤板結現象，從而活化土壤，提高肥料利用率；增強植物新陳代謝，促進光合作用和強化葉片保護膜，抵抗病原菌；增強光合作用，提高化肥利用率，降低硝酸鹽含量；固化若干重金屬，降低植物體內重金屬含量。
抗病、殺滅有害菌，提高作物抗病、抗寒、抗旱能力；增加土壤養分、改良土壤結構、提高化肥利用率；促使土壤中的有機質分解成腐殖質，刺激作物生長。促進作物生長、成熟、降低成本、增加產量、提高收入；有一定的固氮、解磷、解鉀作用。生發出大量菌絲，將水肥輸送到毛細根，從而擴大根系吸水吸肥的區域使秸稈中的有機質成為植物生長所需的營養，提高土壤有機質，改善土壤結構。增加種子的萌發率，促進根部生長，增強植株活力。其中的綠色木霉孢子粉可直接加入腐熟劑、有機肥料、生物菌劑等肥料中，在分解纖維、病理防治中有重要作用。灌根，可防治植物細菌和真菌性土傳病害，并使葉部細菌和真菌病害明顯減少；并具有明顯的促生長、增產作用。微生物源殺菌劑，主要應用于防治土壤傳播的細菌性病害,如姜瘟病、茄子青枯病、辣椒青枯病等。蠟質芽孢桿菌能通過體內的SOD酶，提高作物對病菌和逆境危害引發體內產生氧的清除能力，調節作物細胞微生境，維護細胞正常的生理代謝和生化反應，提高抗逆性，加速生長，提高產量和品質。蠟樣（狀）芽胞桿菌可產生抗菌物質，抑制有害微生物的繁殖，降解土壤中的營養成分，改善生態環境。殺蟲(包括根結線蟲)，對鱗翅目等節肢動物有特異性的毒殺活性。對多種線蟲都有防治效能，是防治根結線蟲最有前途的生防制劑，稱之為“地下害蟲專殺”，且可以反復侵染，長期持效，一次用藥，整季無蟲的特點。對蠐螬、金針蟲、地老虎、螻蛄等鞘翅目、鱗翅目、直翅目地下害蟲，有很好的殺滅作用；并可侵染多種磷翅目幼蟲，對松毛蟲防效顯著，對菜青蟲玉米螟小菜蛾、大豆食心蟲、稻苞蟲等防效良好。對直翅目（蝗蟲）、鱗翅目（蛾類害蟲）、雙翅目（蚊蠅類害蟲）和鞘翅目（甲蟲）等7目200多種昆蟲，對地下害蟲蠐螬、地老虎、地蛆效果也較為理想。在植物根圍生長并形成“保護罩”，以防止根部病原真菌的侵染。能分泌酶及抗生素類物質，分解病原真菌的細胞壁。作為一種生防菌可以用來預防由腐霉菌、立枯絲核菌、鐮刀菌、黑根霉、柱孢霉、核盤菌、齊整小核菌等病原菌引起的植物病害。橢圓形，金龜子芽孢桿菌在特殊培養基上可以進行營養生長，但在培養基上產生大量有活性的芽孢仍然受到限制。金龜子類的專性寄生菌，可以感染蠐螬使其患上A型乳化病。滅蚊病原微生物之一，其滅蚊選擇性強，對非靶生物和人畜無毒性，在自然界中易降解不污染環境。對不同蚊幼蟲的毒殺作用主要是由其產生的毒素蛋白實現的：一類是晶體毒素蛋白；另一類是Mtx毒素蛋白。緩病芽抱桿(Bacilluslentimorbus)，使蠐螬產生B型乳狀病。對蒙古麗金龜、銅綠麗金龜等為害花生的蟲種有較強的致病力。
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